В чем проблема?

Обычно - размещение флагов устанавливается, размещением соответствующего виджета qTranslate. Это всегда неустраивает. Так вот, берем следующий код виджета и размещаем его там где необходимо(напрмер можно в header.php текущей темы):

<div id="qtrans_flag">
	<?php qtrans_generateLanguageSelectCode($type='image'); ?>
</div>

Стилизация

При необходимости, можно заменить изображения флагов на большие, например 50х25, просто заменить существиющие изображение на необходимое в папке плагина.

Дальше необходимо создать новые правила отображение флагов, а также их точное расположение. Все это будет вносится в файл стилей style.css текущей темы:

/* Q Translate flat style */
#qtrans_flag_header 
{ 
position: absolute;
top: 3.9em;
right: 3%;
text-align: right;
}

.qtrans_language_chooser li { float:left; margin-right:8px }
.qtrans_language_chooser { list-style-type:none }

.qtrans_flag {
    height: 25px !important;
    width: 50px !important;
    display: block !important;
}

На этом, пока все